Trường này được lập từ hai trường đại học tạo ra trong thế kỷ 19 ở Porto: Học viện Politechnical (Academia Politécnica) và Trường Y khoa phẫu thuật (Escola duy y học-Cirúrgica). Sau cuộc cách mạng năm 1910 tại Bồ Đào Nha, bắt đầu từ nền Cộng hòa đầu tiên, các trường Đại học của Lisbon và Porto được tạo ra. Ban đầu, Đại học Porto đã gồm ba khoa:

• Khoa Toán-Tin, Vật lý, Hoá học, Lịch sử và Khoa học tự nhiên (kể cả các trường học Kỹ thuật)
• Y khoa phẫu thuật trường học (bao gồm cả các trường dược phẩm)
• Khoa Thương mại (không bao giờ thực hiện)